A maneira mais direta é criar uma declaração de host virtual separada e não padrão apenas para esse domínio:
<VirtualHost *:80>
ServerName example.com
ServerAlias www.example.com
Alias /special "/srv/application/public/example/special"
# other default directives
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
# other default directives
</VirtualHost>
A única desvantagem é que você precisará manter o mesmo # other default directives
nos hosts virtuais example.com e padrão. Uma boa maneira de fazer isso é colocá-los todos em um arquivo e Include
desse arquivo em ambas as declarações de host virtual.
Como alternativa, você pode manter apenas uma declaração de host virtual e adicionar um RewriteRule:
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)?example\.com$
RewriteRule ^/special(/.*|$) /srv/application/public/example/special$1
Não deixe de considerar qual método será mais sustentável quando você adicionar mais exceções no futuro, como você certamente fará.