Este não é um procedimento suportado, como destacado na documentação oficial do MySQL :
To keep track of which binary log files have been used, mysqld also creates a binary log index file that contains the names of all used binary log files. By default, this has the same basename as the binary log file, with the extension '.index'. You can change the name of the binary log index file with the --log-bin-index[=file_name] option. You should not manually edit this file while mysqld is running; doing so would confuse mysqld.
Portanto, não, não é seguro editar o índice de log binário enquanto mysqld
estiver sendo executado.