Tanto quanto sei, não há como definir a propriedade ou o nível de permissão diretamente na configuração. Uma solução alternativa é forçar o script a definir essas permissões para você após a reinicialização.
Na verdade, uma maneira muito melhor seria garantir que, com o script logrotate.d, altere o que quer que você tenha definido no script, se você decidir (e deve) rotacionar o slowlog.
Pode parecer estranho que, apesar de definir o log lento no nível do pool (que é executado como o usuário especificado), o slowlog é produzido pelo processo mestre e, portanto, é de propriedade do root.
Definitivamente, deve haver uma configuração no arquivo de configuração para definir o nível de permissão e propriedade, semelhante àquele vinculado por @ sandyskies-chan no comentário