Empacotamento Nginx alterado: a pasta conf.d foi usada em pacotes antigos, sites-enabled / sites-available é usado agora com o diretório sites-available contendo configurações vhosts reais e sites-enabled os links simbólicos para sites-available vhosts que você deseja para ativar.
Então, uma estrutura típica seria agora:
nginx
├── nginx.conf
├── sites-available
│ ├── mysite1
│ └── mysite2
└── sites-enabled
└── mysite1 -> ../sites-available/mysite1
No entanto, você tem a liberdade de fazer da maneira que quiser e nem usar nenhuma dessas estruturas. Basta colocar as diretivas include relevantes no seu arquivo de configuração principal.