Não é mdadm, o mdadm controla apenas a funcionalidade de raid de software baseada em kernel.
Você não precisa reinicializar para remontar uma matriz. (Talvez apenas se for sua partição raiz.)
Colocar as mensagens do kernel correspondentes (você pode obtê-las com um comando dmesg ) ajudaria muito, embora eu possa dizer quase com segurança, qual é a causa do seu problema. E é provavelmente a fonte de alimentação, apesar de você dizer que o problema é apenas no controlador conectado.
Você pode testá-lo facilmente, se for um problema de energia: apenas conecte seus cabos de dados entre o SATA adicional e o original. Os problemas acontecem exclusivamente no controlador adicional?
Se não: há um problema na fonte de alimentação, você precisa encontrar uma solução de suprimento de energia. No hardware "normal" eu compraria uma fonte de alimentação melhor, no seu caso eu sugiro fazer uma nova pergunta, mais específica ao hardware.
Se os problemas ocorrerem exclusivamente, sempre, em todas as configurações de cabos de energia / dados, no cartão adicional: o problema provavelmente está no cartão. Tente obter um novo ou um tipo diferente.
p. Você pode conectar os cabos de energia e dados que você quiser, o software raid linux é inteligente e pode reconhecer os dispositivos de hardware (ele faz isso com as chaves geradas automaticamente no superbloco raid).