Você pode dividir o valor do minuto por um número em linha, o que gerará arquivos separados. Por exemplo:
destination d_half_hourly {file("/var/log/tracker/pid$PID-track-$YEAR-$MONTH-$DAY-$HOUR-$(/ $MIN 30).log");};
Por causa da divisão de números inteiros, isso colocará todos os logs do PID 1000 e da data de 1/23/2015 das 05:00 às 05:29 para
/var/log/tracker/pid1000-track-2015-01-23-05-0.log
e das 05:30 às 05:59 para
/var/log/tracker/pid1000-track-2015-01-23-05-1.log
Você também pode aumentar a frequência alterando 30 para outro divisor.