Eu não acho que haja alguma maneira interna de fazer isso com o RemoteApp ainda. Existem ferramentas de terceiros que podem fazer isso (AppSense, etC).
Você também pode verificar o lançamento do aplicativo por meio de um script que verifica se o processo está sendo executado no contexto do usuário e, se não, inicia o aplicativo (ou elimina o outro processo antes do lançamento).
Um script semelhante foi fornecido como uma resposta para essa super pergunta de usuário
edit: e atualizado para incluir um filtro adicional para filtrar a pesquisa com base na variável de ambiente username.
tasklist /nh /fi "imagename eq notepad.exe"/fi "username eq %userdomain%\%username%" | find /i "notepad.exe" > nul || (start notepad.exe)