Gosta! Isso é uma bagunça.
A situação que você criou, ao montar o volume em dois hosts simultaneamente, não é uma condição que eu possa imaginar que a Microsoft tenha incorporado em ferramentas como CHKDSK
(especialmente no Windows Server 2003). Eu recomendo strongmente que você formate o volume antes de copiar os dados de volta. Você colocou o sistema de arquivos em um estado realmente excêntrico que, francamente, eu não confiaria no futuro.
Como você ainda pode acessar os dados remotamente, mas não localmente? Isso é um mistério para mim. O driver NTFS deve apresentar os mesmos metadados para o serviço LanManServer que está sendo apresentado aos programas em modo de usuário executados no servidor. Não tendo acesso ao código, é difícil dizer com certeza.
(Eu quase me pergunto se você está vendo uma cópia em cache dos dados do cache de Arquivos Offline de um cliente também. Não há informações suficientes em sua pergunta para saber, mas esse é um cenário plausível para o seu acesso contínuo ao dados também.)