Você pode otimizar uma única tabela assim:
mysqlcheck -u root -o database_name table_name
por exemplo. este irá otimizar a tabela 'user' do banco de dados 'mysql'.
$ mysqlcheck -u root -o mysql user
mysql.user OK
editar
Para o caso em que você tem centenas de bancos de dados; você pode roteirizar este procedimento como
table_name='api_log'
mysql -NB -u root -e 'show databases' | while read db_name
do
if mysql -NB -u root "$db_name" -e 'show tables' | egrep -wq "$table_name"; then
echo "Optimizing $db_name.$table_name"
mysqlcheck -u root -o "$db_name" "$table_name"
fi
done
que irá interligar todos os bancos de dados e verificar se algum deles tem nome de tabela chamado 'api_log' se isso for feito, otimizará isso.