Você não menciona o que está usando para manutenção, no entanto ...
Geralmente, não é necessário reorganizar os índices em todos bancos de dados. Alguns deles precisarão e outros não. Você provavelmente poderia mudar para algo como scripts do Ola Hallengren , que irá verificar e ver se os índices precisam primeiro. Eu recomendaria algo assim.
Você também pode querer considerar o que (se alguma coisa) mudou no ambiente. Você tem mais bancos de dados do que anos atrás? Alguma coisa aconteceu para tornar o trabalho de reindexar mais doloroso, ou foi sempre assim e você só notou quando assumiu?