Em suma, sim ... você teria um problema com o RAID6 e usando uma unidade menor. O próprio RAID6 não tem como dinamicamente redimensionar o RAID para um disco menor. Você deve:
- tem um controlador RAID capaz de redimensionar dinamicamente o volume RAID
- copie seus dados em outro lugar e reconstrua completamente o RAID e restaure os dados de volta ao volume.
Eu só vi uma placa RAID que pudesse fazer redimensionamento dinâmico, mas não suportava RAID6. Eu duvido que o seu também. Além disso, mesmo com o RAID5 ... houve um enorme impacto no desempenho enquanto o ataque estava sendo redimensionado.
Copiar seus dados em outro local também é um grande risco, devido ao fato de que você está usando sua matriz redundante ... e movendo os dados para um armazenamento não redundante. (mesmo que seja temporário)
No final do dia ... basta comprar outro disco rígido de 2 TB. Eles não são muito caros ... e tentar evitá-lo apenas aumentará o risco de perda de dados.
No futuro ... você pode querer olhar para outras alternativas de RAID que suportam esse tipo de funcionalidade. O ZFS pode ... bem como alguns outros dispositivos RAID proprietários (DroboFS, etc ...) permitem que você use unidades de correspondência incorreta para redundância. Eu honestamente não recomendaria nada além do ZFS para esse tipo de coisa.