Como mencionado nos comentários, essa é uma maneira não ideal de fazer a migração.
Eu imagino que o problema específico que você pergunta pode ser contornado definindo o atributo TargetAddress
em seus usuários para encaminhar e-mails para sua organização on-line do Exchange. (Isso faz parte do processo de migração em etapas.) Se você deixar o MX apontando para o Exchange local, poderá encaminhar mensagens para os usuários migrados automaticamente, definindo o TargetAddress como <user>@<Office365domain>.onmicrosoft.com
Alguns de seus usuários podem ter o Outlook conectado à -premises, algumas para on-line, e-mail para as caixas de correio on-line serão encaminhadas para lá pelo Exchange local devido a TargetAddress.