Seu mysqld definitivamente está executando o MySQL 5.5.39
para ter certeza, por favor, execute
mysqld --version | awk '{print $3}'
O PHPMyadmin pode estar usando um cliente 5.1.73
Você também pode logar no mysql a partir da linha de comando e rodar este
mysql> status
Você receberá uma saída parecida com esta
/usr/bin/mysql Ver 14.14 Distrib 5.5.30, for Linux (x86_64) using readline 5.1
Connection id: 723
Current database: mydb
Current user: root@localhost
SSL: Not in use
Current pager: stdout
Using outfile: '...'
Using delimiter: ;
Server version: 5.5.30-log MySQL Community Server (GPL)
Protocol version: 10
Connection: Localhost via UNIX socket
Server characterset: utf8
Db characterset: utf8
Client characterset: utf8
Conn. characterset: utf8
UNIX socket: /var/lib/mysql/mysql.sock
Uptime: 10 hours 40 min 45 sec
Threads: 5 Questions: 820429 Slow queries: 79 Opens: 4376 Flush tables: 3 ...
Você verá a linha
Server version: 5.5.30-log MySQL Community Server (GPL)
É a versão do servidor que importa.
A linha 1 tem a versão do cliente.
- Se ele diz 5.1.73, basta instalar o cliente 5.5.39 e remover o cliente 5.1.73.
- Se ele diz 5.5.39, e o PHPMyAdmin ainda insiste que é 5.1.73, você pode ter dois clientes instalados e o PHPMyAdmin está teimosamente usando o antigo. Apenas desinstale o cliente 5.1.73.