A Alfresco fornece um Guia de instalação para o Solr que abrange a maior parte do que você necessidade.
De lá, você verá que no arquivo context.xml que você copiou para o diretório do Tomcat, você pode definir o docBase para controlar onde ele encontra a guerra, e solr/home para onde encontrar a maior parte do resto da configuração Alfresco Solr. Finalmente, na casa do Solr, há um arquivo solrcore.properties por núcleo, no qual você pode definir onde os arquivos de índice serão colocados.