O Nagios irá rodar os plugins sem ENV e, portanto, nenhum conjunto $ HOME. Você pode simular isso com env -i
para testes manuais.
Você pode alterar seu comando de verificação para algo como HOME=/home/nagios && /usr/lib/nagios/plugins/check_mysql_query ...
(ou qualquer que seja o caminho).
Se você não conseguir fazer isso funcionar, envolva todo o check_command em um shell script que defina HOME antes de chamar o plugin real. Também não se esqueça de pegar o código de retorno e passá-lo através do script wrapper também.