Você tentou testdisk. Eu usei testdisk antes de recuperar estruturas de pasta. link
Eu removi acidentalmente todo o meu diretório pessoal (não julgue!). Meus primeiros resultados de pesquisa me levaram a aplicativos como extundelete e photorec. Mas os resultados não foram aceitáveis. O extundelete sai inesperadamente (sem fazer nada) e o photorec recupera arquivos em uma estrutura plana. Eu me pergunto se há um aplicativo que recupera arquivos e pastas juntos. Meu arquivo perdido é composto de milhares de arquivos que são inúteis se não estiverem estruturados nas pastas originais!
Você tentou testdisk. Eu usei testdisk antes de recuperar estruturas de pasta. link
Como você apagou acidentalmente o conteúdo do diretório pessoal, você deve usar extundelete de outro sistema operacional ou de um live-CD / live-USB. Usando extundelete dentro do mesmo sistema operacional onde a partição está montada, pode fazê-lo se comportar de maneira estranha.
Estou postando isso como uma resposta apenas porque a pergunta diz que o extundelete existe inesperadamente sem dizer nada.