Parece que você tem a sintaxe errada (embora seja possível que você tenha digitado errado).
A partir da documentação das Ferramentas S3 , parece que você quer algo assim:
s3cmd del s3://BUCKET/OBJECT
e
s3cmd del -r s3://BUCKET/FOLDER
Normalmente, você precisa usar o sinalizador -r ou recursivo para excluir pastas.
Se isso não funcionar, verifique se suas permissões e chaves estão corretas.