Sim, entendi! Os caras estavam certos. o contexto do selinux foi quebrado para arquivos de configuração.
Basta executar
restorecon -Rv /etc/pam.d
no modo de usuário único
signle init=/bin/bash no GRUB.
Em seguida, reinicie e aguarde até que o sistema de arquivos seja auto-ativado pelo selinux.
É isso aí!
UPDATE: para aqueles que querem desativar o SC auth:
Vá para o /etc/sysconfig/authconfig e defina FORCESMARTCARD e USESMARTCARD para no .
Não tente excluir nenhum arquivo em /etc/pam.d ! ;)