Você pode usar o comando --skip-old-files
para informar tar
para não sobrescrever os arquivos existentes.
Você ainda pode ter problemas com os arquivos de backup, se as versões do software forem diferentes entre os dois servidores. Algumas mudanças na estrutura do arquivo de dados podem ter ocorrido e as coisas podem parar de funcionar.
Um processo de backup mais refinado deve ser desenvolvido.