Você não pode fazer isso (facilmente) com um arquivo .htaccess, pois as diretivas no .htaccess se aplicam ao diretório e a todos os diretórios abaixo dele
.htaccess files (or "distributed configuration files") provide a way to make configuration changes on a per-directory basis. A file, containing one or more configuration directives, is placed in a particular document directory, and the directives apply to that directory, and all subdirectories thereof
Eu acho que você poderia adicionar um .htaccess a cada subdiretório que substitui a restrição na raiz do documento.