Isso parece um problema com o Compiz, embora seja difícil ter certeza com base nas informações fornecidas. Mas você mesmo pode testá-lo da próxima vez que sentir isso; pressione Alt + F2 e digite compiz --replace
.
Você deve esperar que a tela pisque um pouco e, então, tudo deve ficar bem. Se funciona, então isso confirma que o problema é com o Compiz. Nesse caso, para garantir que isso não aconteça novamente, você pode escolher Sem efeitos no Sistema > Preferências > Aparência > Efeitos da área de trabalho. (Eu não usei 10.04 há algum tempo, então a localização pode não estar totalmente correta. Se não, basta procurar em System > Preferences. Você o encontrará).
Alterar a configuração para Sem efeitos significa mudar para o Metacity, que é um gerenciador de janelas diferente e não terá os mesmos problemas.