As diretivas são aplicadas à diretiva Virtualhost na qual elas são definidas ou à configuração global se não estiverem dentro de uma.
Para visualizar a precedência de configuração, você pode executar:
# apache2ctl -S
Se as configurações habilitadas para conf contiverem diretivas e seções de diretórios de alias, às quais o VHost se aplicam - a todas as em sites habilitados ou ao padrão (primeiro)?