O agente SCA suporta argumentos de linha de comando para instalação silenciosa. Os switches específicos podem ser encontrados aqui .
Depois de ter o script, você pode implantá-lo por meio de uma ferramenta de gerenciamento de configuração (como Intune, que você disse não ser capaz de aproveitar) ou por meio de uma abordagem mais complicada como usar psexec ou PowerShell para executar o script script em cada servidor.