A única desvantagem é a memória adicional que seria necessária.
Você deve reservar cerca de 512mb de RAM para cada 12000 MaxCmds que você permitir.
No entanto, seria uma boa ideia monitorar o uso de memória do servidor para garantir que ele não esteja paginando demais. Se estiver, você deve reduzir os MaxCmds em pequenos incrementos até que esteja estável.
Há mais informações, incluindo alguns algoritmos para descobrir o valor MaxCmds apropriado para sua situação, aqui: technet.microsoft.com