Estritamente falando, não há nada de errado com essa configuração. Na prática, existem muitas pilhas de resolver mal escritas em uso em várias aplicações.
Você notará que o Hurricane Electric não possui dual-stack ns1.he.net (ns1 é somente IPv4, ns2 a ns5 são totalmente dual-stacked). Essa é uma abordagem excessivamente cautelosa.
Eu não escolheria um host somente IPv6 como um servidor de nomes principal com autoridade. No entanto, eu me sentiria confortável em ter um primário primário e IPv6 de pilha dupla (ou terciário, etc.).