O Capistrano, como você descobriu, é basicamente uma ferramenta de implantação. O que parece que você precisa é de uma ferramenta de gerenciamento de configuração. Puppet, Chef, Salt e Ansible são exemplos de ferramentas CM. Eles usam todos os produtos muito capazes, mas, para a sua situação, eu recomendo que você dê uma olhada primeiro na Ansible.
Todas essas linguagens têm algum tipo de linguagem declarativa com a qual você pode descrever o estado desejado de seus sistemas. Esta funcionalidade sozinha serve para alguns fluxos de trabalho, mas em alguns casos, você só quer que seu CM execute um conjunto de comandos sequencialmente. É onde o Ansible se destaca - ele permite que você declare os bits de configuração para partes do seu sistema, e então especifique os comandos do shell para executar também.
Um outro benefício enorme que o Ansible tem sobre as outras opções é que o único requisito no lado do cliente é um interpretador python e um servidor ssh é isso - nenhum agente é necessário.