A diferença é mínima, mesmo em um 512mb vm e isso é simplesmente algo apenas executando DNS ou similar.
Não esqueça que partes não usadas podem ser movidas para um arquivo de troca pelo SO .... e isso acontece com a GUI quando não estiver em uso.
Eu usaria o núcleo do servidor mais em stauff Eu não preciso manter, como por exemplo hosts Hyper-V em um cluster de failover. Um age - bom, remova, substitua, crie imagens, as VMs são removidas automaticamente.
Nós mudamos - agora com a instalação do 2012 r2 - para a interface do usuário completa em todos os vm's.
O preço - se alguma coisa - é mais reinicializações em vm's devido a mais patches necessários, do que mais recursos.