Há um artigo muito bom aqui no cache do Linux;
Em resumo, se você continuar limpando seus caches, as leituras de disco levarão muito mais tempo para serem executadas e se você ler no final do artigo;
A fully used store of ram on Linux is efficient hardware use, not a warning sign.
Você pode encontrar alguma otimização melhor de sua configuração do MySQL, o que ajudará bastante no desempenho ao remover continuamente os caches na RAM.
Eu tive algum sucesso usando o MySQLTuner.pl - > link