Tente isto:
rsync -zavr --delete --links --stats --rsh="ssh -p 2222 -l user" www.example.com:/home/user/public_html/ /home/user/public_html/rsynctest/.
Existe algum motivo para você incluir a opção -R. Isso é o que faz o rsync salvar seus caminhos relativos (diretórios)