É possível que alguns dos arquivos não satisfaçam o tamanho padrão & rsync do rsync; encontro. Obtenha o rsync para transferir com base em somas de verificação. Será mais lento, mas se o arquivo for alterado de qualquer maneira, ele será transferido.
rsync -cav <source> <destination>
Se você quiser verificar se ele transferirá os arquivos desejados, adicione -n ao final do comando para obter uma execução a seco. Você pode então verificar a lista de arquivos perdidos, ou ainda mais fácil, se você tem um nome de arquivo específico que você sabe que não estava sendo transferido antes, apenas grep para isso!
rsync -cav <source> <destination> -n | grep some-missing-filename
ATUALIZAÇÃO: Se você não tiver certeza se o conteúdo das pastas é o mesmo, verifique facilmente o seguinte:
em cada servidor:
cd /to/root/of/your/website
find . | md5sum
E, em seguida, compare a soma de verificação md5 que é a saída, se o número é o mesmo, então você tem os mesmos arquivos (por exemplo, arquivo1 no servidor1 e no servidor2), embora isso não seja responsável pelo conteúdo do arquivo
Se você quiser ver quais arquivos existem em um, mas não em outro, então é claro que você pode listar os diretórios em arquivos:
cd /to/root/of/your/website
find . > server1.txt
... nos dois servidores e, em seguida,
diff server1.txt server2.txt
Apenas um pensamento final:
scp -r user@server1:/path/to/website /path/to/website