Você perderá tudo o que não estava em sua partição inicial: -)
Você já mencionou ou precisa pensar em:
- muda para
/etc/rc.locale/etc/em geral - alterações nas fontes de software usadas (
/etc/apt) - todo o software que você instalou (você pode salvar uma lista do software instalado através do software-center e reinstalá-lo mais tarde, mas é necessário pensar nisso ...)
- software instalado fora do sistema debian (digitando
make; make install,easy_install,cpan,ctan, ...), esses geralmente estão em/opt/... - provavelmente eu não consigo pensar no momento ...
Você não perderá a maior parte da configuração, pois isso geralmente é salvo em ~/.conf .
Para respostas sobre como fazer o backup de todos os componentes do sistema, você pode dar uma olhada nesta questão: Como fazer backup de configurações e lista de pacotes instalados e Fácil backup / restauração do sistema instalado?