A solução de trabalho deve ser assim
location /myapp/ {
root /home/me/myapp/www;
try_files $uri $uri/ /myapp/handle.php?url=$uri&$args;
}
Eu estou substituindo o regex por /myapp/ porque as duas configurações devem fazer o trabalho corretamente. Em seguida, substituo /handle.php to /myapp/handle.php porque o caminho absoluto de try_files fallback deve ser http://example.com/myapp/handle.php