O arquivo PID não corresponderá ao processo em execução, já que você não está usando o script de inicialização - ele não está sendo gravado no início do serviço.
Para o arquivo PID ser atualizado, você deve adicionar -P /var/run/varnish.pid
à sua linha de comando varnishd
- ou melhor, descobrir por que o script init não está funcionando e corrigi-lo.