Você não perderia tanto nesse pequeno ambiente. Como mencionado, você perderia dados históricos de desempenho / evento. Você também perderia qualquer regra de HA / DRS personalizada que possa ter criado.
Não tenho 100% de certeza sobre isso, mas acredito que você possa instalar o vCenter 5.1 em um novo sistema e, durante a instalação, apontar para o banco de dados anterior e fazer com que ele seja atualizado como parte de uma nova instalação em um novo servidor. Isto é supondo que você não está usando o SQL Express, mas um SQL Server completo no backend. Caso contrário, você poderá instalar a instância do SQL Express primeiro no novo servidor, desanexar / reconectar (ou fazer backup / restaurar) o banco de dados do antigo para o novo e, em seguida, executar a instalação e apontá-lo para o banco de dados anterior.