Não tenho certeza sobre o Nagios, mas se você conseguir acessar o servidor, colete os detalhes abaixo, o que ajudará você a restringir o problema. Com a ajuda do comando abaixo, você pode identificar quem está consumindo mais CPU e memória. Ou o sistema está em condições OOM.
top -n 5 -b
vmstat 1 50
iostat -x 2 10
ps -aufx
sar 1 50
cat /proc/meminfo
cat /proc/buddyinfo