Você precisa editar '/var/lib/ntop/init.cfg'
amostra:
cat /var/lib/ntop/init.cfg
USER="ntop"
INTERFACES="interface1 interface2"
[editado]
Talvez você possa tentar isso (no ntop manpage):
2 -i --interface Specifies the network interface or interfaces to be used by ntop for network monitoring.
Se várias interfaces forem usadas (esse recurso estará disponível somente se ntop for compilado com suporte a threads), seus nomes devem ser separados por uma vírgula. Por exemplo -i "eth0, lo".