Veja, aqui você erra ....
lets say both are 64kb, what happens when I run a write operation that's only a few bytes on a section of the drive that's full?(perhaps a large sql server database)
Isso não é possível.
Além do fato de que o NTFS tem blocos de 4kb ou mais - e é strongmente recomendado definir isso para 64kb para o SQL Server.
O SQL Server gerencia páginas de 8kb e sempre lê / grava 8 páginas como extensão - 64kb.
Como resultado, para o SQL Server, não há nada como escrever alguns bytes. Ele vai escrever 64kb.
Como tal, para o SQ LServer, recomenda-se a utilização de um tamanho de nó NTFS de 64kb (pelo que as extensões não causam IO dividido) e obviamente uma multiplicação de tamanho de raid de 64kb Raid (como edição empresarial do SQL Server adora ler antecipadamente ).
Para outros elementos, as coisas são semelhantes - não o SQL Server ... depende da inteligência do programador e dos padrões de acesso de um software específico.