As razões mais comuns (e correções) para o servidor MySQL desapareceram (erro 2006) são:
O servidor expirou e fechou a conexão. Como corrigir:
verifique
wait_timeout variable
no arquivo de configuração my.cnf é grande o suficiente.
No Debian:
sudo nano /etc/mysql/my.cnf,
conjunto wait_timeout = 600 segundos
sudo /etc/init.d/mysql restart.
O valor padrão para wait_timeout pode ser em torno de 28800 segundos (8 horas).
A segunda coisa a verificar é
O servidor descartou um pacote incorreto ou muito grande. Se o mysqld recebe um pacote que é muito grande ou incorreto, ele assume que algo deu errado com o cliente e fecha a conexão. Você pode aumentar o limite máximo de tamanho do pacote aumentando o valor de max_allowed_packet no arquivo my.cnf.
No Debian:
sudo nano /etc/mysql/my.cnf,
max_allowed_packet = 64M
então
sudo /etc/init.d/mysql restart.