Isso é mais uma questão de preferência e convenção do que qualquer outra coisa. Nos sistemas Debian, eu costumo manter tudo relacionado à web-app em /var/www/<site_name> . Se os usuários esperam poder acessar esse diretório, eu coloco um link simbólico em seu diretório /home/<user_name> . Isso mantém as coisas perfeitamente separadas, mas acessíveis, e permitiria que você alterasse partes da estrutura posteriormente (por exemplo: movendo o armazenamento do site) sem mover / reconfigurar tudo.