Sim, o mesmo se aplica aos volumes criados a partir do instantâneo. O EBS será anexado à instância e montado, mas ainda estará extraindo dados do S3.
Para mim, foi um problema e fiz algo assim antes de girar o aplicativo ao máximo para ver se todos os dados foram copiados do snapshot do S3:
sudo dd if=/dev/sdX of=/dev/null bs=10M
No momento em que esse comando é concluído, você pode ter certeza de que todos os dados foram copiados.