Com base em suas edições e comentários, não acho que esse seja um atraso de árvore de abrangência que você está vendo. O tempo de inatividade que você está descrevendo (2 minutos) é realmente muito longo para ser explicado pelo STP, e eu duvido que os servidores Linux estejam executando o STP com os switches. Você também está basicamente fazendo uma spanning tree de switch único, já que uma pilha de switch é considerada um switch lógico.
Existem alguns ajustes de STP que provavelmente são uma boa ideia na sua situação. Primeiro de tudo, você pode reativar o Spanning-Tree em suas VLANs - não há motivo para desativá-lo. O modo rapid-pvst é uma boa idéia, a menos que você esteja tentando executar o spanning-tree com as caixas do Linux. Você também pode dizer ao switch que os troncos para seus dispositivos Linux (Gi1 / 0/2) não são comutadores.
spanning-tree vlan 1,100
interface GigabitEthernet1/0/2
spanning-tree portfast trunk
Isso deixa os outros recursos de redundância que você tem aqui, que são a própria pilha de comutadores, o HSRP e qualquer coisa no Astaros.
Minha aposta é no mecanismo de recuperação de falhas no Astaros. Desde que você mencionou que um é "mestre", isso implica que apenas um está ativo a qualquer momento. Que tipo de temporizadores são configurados nos dispositivos Astaros para failover? Você tem algum log que indique quanto tempo leva para que o dispositivo de espera se torne ativo após a falha do switch?
A spanning-tree não parece correta devido ao fato de que todo o STP está sendo feito em um switch e devido ao tempo de inatividade. O failover da pilha de switches (pelo menos em pilhas de 3750) deve ser mais rápido do que isso também, embora você possa conectar um console ao comutador secundário para ver se está demorando muito para assumir o controle como mestre. O HSRP (assumindo que ele está sendo executado no provedor e não em seus switches) também falhará um pouco mais rápido do que isso, e não deve estar afetando você.
TL; DR - Eu acho que são os temporizadores de failover em suas caixas Linux que estão causando o atraso. O segundo lugar vai para a pilha de interruptores levando muito tempo para que o comutador secundário assuma a função de mestre.