Se o diretório base estiver definido corretamente em /etc/passwd
(ou LDAP etc.) para um determinado usuário, não deverá haver nenhuma consequência para qualquer sistema bem mantido. É claro que, se você executar algo que espera que o diretório base seja /home/username
em vez de $HOME
(ou outras formas de obter o diretório home real), poderá ter problemas, mas não vale a pena usá-lo de qualquer maneira. Mesmo com o X11, nunca tive problemas com diretórios pessoais não padrão. O que você quer dizer com "configuração adicional é necessária"?
É claro que você precisa garantir que, por exemplo, /encrypted-home
também é copiado.