Você está executando um banco de dados de log pesado em apenas sobre os discos mais lentos lá fora. A razão pela qual você está vendo o jdb2 em níveis tão altos é porque está tendo dificuldade em escrever os diários do ext4 no disco
Altere os discos para algo que possa ser mantido (os SSDs vêm à mente, embora todos os discos SAS regulares com um cache de bateria funcionem) e / ou comece a sintonizar as coisas. Há abundância de documentação por aí quando se trata de ajuste do sistema de arquivos em ambientes SQL.
Um bom ponto de partida está aqui: link