Você realmente não pode ter as duas coisas: Se você quiser acessar um recurso no servidor de arquivos do servidor web, você precisa abrir um buraco de firewall para ele.
Não há realmente nenhuma diferença para o NFS versus MySQL - Se alguém invadir seu servidor web, ele pode obter seu banco de dados MySQL (ou pelo menos pegar as credenciais e acessar qualquer DB que o usuário possa acessar). Da mesma forma, se invadirem o servidor da Web, poderão acessar qualquer coisa que o servidor da Web esteja autorizado a acessar, sujeito a quaisquer restrições que você colocar na exportação do NFS.
A melhor coisa que você pode fazer nessa situação é restringir a exportação do NFS à janela prática mínima do servidor de arquivos (protegendo-o de um comprometimento do servidor da Web) e usar autenticação strong para o cliente NFS via Kerberos por exemplo (protegendo-o de uma violação colateral da DMZ). Há também algumas perguntas aqui marcadas com nfs que falam sobre autorização e autenticação preocupações, segurança, etc., que podem lhe dar algumas dicas sobre isso.