Parece que você pode estar usando o crypt para sua senha, com base no hash. Versões antigas da cripta efetivamente usam apenas os 8 primeiros caracteres da sua senha, então se o prefixo compartilhado do seu nome de usuário e senha for maior que isso, isso causaria os sintomas que você está vendo.
Não use cripta, use SHA; execute htpasswd
com o sinal -s
, por exemplo
$ htpasswd -bs /path/to/htpasswd johndoe johndoe123