Tudo o que o nosso amigo rfelsburg disse está correto e você deve fazer. No entanto, eu tenho que adicionar nem todas as consultas que você vê no log de consultas lentas estão realmente em execução lenta. Você precisa prestar atenção que algumas consultas estão aguardando na fila para serem executadas. Mas, como há outras consultas lentas em execução, elas aparecem no log de consultas lentas como consultas que passaram o valor de long_query_time e você acha que elas estão sendo lentas.
Depois de deixar seu servidor rodar por um tempo e coletar algumas consultas lentas, você precisa usar slowquerydump mais informações clique aqui e isso gerará um arquivo formatado legal para você, assim você poderá encontrar as consultas, quantas vezes foram executadas, o tempo de bloqueio da tabela ... e executá-las uma a uma para ver se eles estão realmente funcionando devagar ou ficaram muito tempo na fila para serem executados.
Deixe-me saber se você tem alguma dúvida.