Sua regra iptables permite conexões de entrada para a porta 3306, mas somente na interface eth0. Provavelmente você está tentando se conectar a partir de uma interface diferente.
Para resolver o problema, substitua a regra por uma que permita o tráfego de que você precisa. Por exemplo, para permitir o tráfego de todas as interfaces:
iptables -R INPUT 6 -m state --state NEW -p tcp --dport 3306 -j ACCEPT