Os Scripts de Inicialização são processados da mesma maneira no Windows 7 do que no Windows XP (executado como SYSTEM, assíncrono por padrão, oculto por padrão).
Meu instinto diz que seu script está sendo executado. Você pode adicionar uma função para gerar um arquivo na pasta% TEMP% para ter certeza.
Esses clientes do Windows 7 de 64 bits e você tem certeza de que não deveria estar modificando uma subchave WOW6432Node?