Você pode obter as últimas 100 linhas do log com o seguinte comando:
tail -100 error.log
Ou para salvá-los em um novo arquivo:
tail -100 error.log > error-100.log
Você pode salvar qualquer número de linhas necessárias em vez de 100, depois simplesmente excluir o arquivo original
Além disso, para evitar essa situação novamente, você deve começar a configurar a rotação de log do Nginx