Scripts de logoff são executados como o usuário. Em qualquer ambiente Windows sensato, os usuários não devem ter direitos de Administrador e não conseguirão instalar o software.
Seria melhor instalar software em um script de inicialização ou desligamento, que é executado como o computador (SYSTEM).
Não tenho familiaridade com o Ninite, por isso não posso dizer se funcionará em um script de inicialização ou desligamento, mas posso dizer que qualquer problema com a necessidade de privilégios elevados não será um problema.